上海海洋大学研究生院是负责该校研究生教育的专门机构，成立于1983年，经过三十多年的发展，已拥有较为完善的研究生教育体系。

上海海洋大学研究生院涵盖了多个学科门类，包括水产、海洋科学、食品科学与工程、生物学、生态学、环境科学与工程、机械工程、计算机科学与技术、软件工程、农林经济管理和应用经济学等。其中，拥有水产、食品科学与工程和生物学等3个博士后科研流动站，以及多个一级学科博士学位授权点和一级学科硕士学位授权点。此外，学校还拥有农业、电子信息、机械、能源动力、生物与医药、公共管理和翻译等7个硕士专业学位授权点。