南京林业大学研究生院是南京林业大学负责研究生教育的专门机构，成立于2003年。该研究生院是学校的学位与研究生教育的职能部门，从事研究生招生、培养、学籍管理、学位授予、就业、学生思想政治工作、学科建设和导师遴选等日常管理工作。

南京林业大学研究生院以林学、风景园林学、林业工程为特色，以资源、生态和环境类学科为优势，涵盖了多个学科领域，如林学、园艺、植物保护学、兽医学、环境科学与工程等。现有多个博士后流动站、博士学位授权一级学科、硕士学位授权一级学科和硕士专业学位授权类别。