药物化学学科是药学领域中的带头学科，是化学和生命科学相互渗透的交叉性学科，在人类防治疾病的过程中起着十分重要的作用;我院的药物化学学科2000年以前作为有机化学的一个重要研究方向，近年来经过迅速发展以及新的郑州大学成立后的相关学科资源的进一步整和，现在已发展成拥有博士和硕士学位授予点的河南省重点学科，也是郑州大学“十五”、“211工程”重点建设学科之一。

目前主要开展的研究方向有：以新药研究开发和药物生产关键技术为主攻方向，围绕新药发现、设计及合成，药效及安全性评价和产业化开发三个环节凝练学科方向，构筑新药研究开发基地。本学科主要围绕以下四个研究方向开展工作：

1.新药设计、合成及构效关系研究

通过新型结构分子的设计、合成及构效关系研究，发现具有生物活性的新化合物，为新药的开发奠定基础。以葡萄糖、木糖和蔗糖为原料，研究新型高碳糖、分枝糖和氨基糖等化合物的合成方法，合成了一系列具有重要生物活性的双碱基核苷、碳苷和拟糖核苷;在此基础上，开展药效学和构效关系研究，主要开展抗肿瘤、免疫调节、糖苷酶抑制活性以及心血管系统药理活性研究和构效关系研究。

2.天然药物研究

重点开展冬凌草、夏枯草、金银花、马桑、马鞭草、红花等植物药物的化学成分研究，并对含量高的成分的结构进行改造，如以穿心莲内酯和地高辛以及贝壳杉烯型二萜为先导物的新药设计与合成。已发现或半合成新化合物200余个，通过活性和安全性评价，已筛选出两个具有显著抗肿瘤和降糖活性的化合物，目前正在进行临床前评价中。

3.药物合成方法学研究

通过探索新的药物合成方法，优化药物合成工艺，降低生产成本，提高药品质量;利用不对称合成方法和手性催化剂，研究手性药物的合成方法，目前在手性催化剂和不对称合成方面，取得了有重要理论意义和应用价值的研究成果，如以糖和氨基酸为手性源开展了重要手性化合物的合成研究，抗高血压药物左旋盐酸倍他洛尔的合成与拆分，手性β-氨基醇的合成与拆分等方面已经取得重要进展，为将廉价糖手性源引入经济价值较高的手性药物开拓了一条新途径。利用组合化学方法展开三尖杉碱的合成。已成功开发了药物合成方法多个，例如罗格列酮、倍他洛尔、盐酸西替利嗪和克林霉素磷酸酯等药物的合成新工艺，已在省内外广泛使用，产生了良好的社会和经济效益。

4.药物及其中间体的生物转化

利用河南省优势资源，广泛筛选菌种，以皂素及其衍生物为底物进行生物转化研究，目前已筛选出对甾核不同部位具有羟基化作用的若干菌种，并用化学方法对转化的产物进行结构修饰得到了一系列新结构的化合物。